Viajar en barco por los canales del sur suele ser una experiencia inolvidable, y es por ello que es una gran alternativa para muchos turistas que aprovechan de esta manera de conocer no sólo las bellezas naturales de Chile insular, sino también a otros viajeros y compañeros de ruta.
La mayoría de los viajes parte desde la ciudad de Puerto Montt, desde donde zarpan los barcos que cubren las rutas hacia la Carretera Austral, Laguna San Rafael y Puerto Natales (Torres del Paine). También hay algunas excursiones cortas hacia la Laguna San Rafael que salen desde Puerto Chacabuco. Desde Punta Arenas, en el Estrecho de Magallanes, hay barcos que zarpan hacia Tierra del Fuego y Ushuaia (Argentina), y también existe la posibilidad de conocer la Antártica.
Los barcos cumplen la importante misión de mantener conectada a esta lejana zona con el resto del país, al no existir la posibilidad de caminos debido a enormes campos de hielo que aíslan la región. Es por ello que hay gran diversidad de naves cubriendo estas rutas: desde las que llevan carga y pasajeros locales, hasta exclusivos cruceros turísticos. Pero no hay que equivocarse ante la palabra "Crucero": no se trata de los colosos con capacidad para miles de personas. Por el contrario, los cruceros del sur de Chile pueden transportar a unos 150 pasajeros en promedio, y el barco más grande de la zona, el transbordador "Evangelistas" (ex Magallanes), tiene una capacidad total de 260 pasajeros.
Al norte de Puerto Montt existen dos interesantes alternativas para viajar entre Chile y Argentina: Se atraviesa los Andes en una combinación de tramos terrestres en bus y navegando por lagos insertos en la cordillera. La más popular es la que une Puerto Montt/Puerto Varas con Bariloche, antes conocida como "Cruce de Lagos", hoy llamado "Cruce Andino". Desde diciembre 2008 también existe la opción "Travesía Navegando Chile Argentina" que conecta Pucón con San Martín de los Andes.