La Laguna San Rafael es una pequeña bahía en el extremo sur del canal Moraleda. Está conectada con el mar a través del Río Témpano. Su gran atractivo es el Ventisquero San Rafael, un glaciar de más de 40 kilómetros de largo que baja desde el Monte San Valentín con 4.000 metros de altura, y que a su vez forma parte del Campo de Hielo Norte. Es el ventisquero más alejado de los polos que llega hasta el mar.
Desde su frente de más de un kilométro de ancho, y de entre 30 y 50 metros de altura sobre el agua, se desprenden continuamente y con gran estruendo trozos de hielo que luego quedan flotando en la laguna como témpanos del tamaño de un edificio de varios pisos. El paseo en pequeños botes en medio de miles de bloques de hielo en una gama de colores que va desde el transparente hasta un profundo azul, es una experiencia sobrecogedora. Para celebrarlo, el capitán recogerá uno de esos trozos que se formaron en la altura de la montaña y se demoraron siglos para avanzar con el glaciar, hasta llegar aquí, para brindar con whisky con "hielo milenario".
Los puntos de inicio para estas excursiones son Puerto Montt y Puerto Chacabuco. Desde la temporada 2011/2012 Navimag ofrece también un viaje en crucero desde Castro en Chiloé. Puerto Montt tiene un fácil acceso por vía terrestre y aérea. El pequeño Puerto Chacabuco se encuentra unos 800 kilómetros más al sur. Para llegar hay que tomar un ferry, viajar por tierra a través de Argentina o en avión a Balmaceda, el aeropuerto de Coyhaique, que está a unas 2 horas en bus.
Si cuenta con muy poco tiempo, tomar el avión desde Santiago o Puerto Montt a Balmaceda y viajar por el día con Catamaranes del Sur a la Laguna San Rafael puede ser una buena opción (así es posible hacer todo el viaje en tan sólo 3 días).
El popular viaje en el ferry de Navimag ahora sólo se ofrece en invierno. Durante mucho tiempo ha sido la manera más económica para conocer Laguna San Rafael. Hasta el momento no apareció una nueva empresa para llenar este nicho.

Además hay varios veleros y lanchas a motor que ofrecen viajes tipo charter por el laberinto de canales, incluyendo la Laguna San Rafael. Tienen espacio para 6 a 10 pasajeros y la navegación puede durar de 3 a 7 días. Es la forma más exclusiva para conocer esta región, y una buena opción a considerar para un grupo familiar o de amigos. Sin embargo, si está viajando en forma individual, puede ser difícil "encontrar un cupo".