Mit dem Schiff durch die patagonischen Fjorde zu reisen ist ein unvergessliches Erlebnis. Für viele Touristen ist dies eine interessante Alternative, um nicht nur die Naturschönheiten Südchiles, sondern auch andere Reisende und Weggefährten kennenzulernen.
Ausgangsort für die meisten Reisen ist die Stadt Puerto Montt, von wo aus die Gegend der Carretera Austral erschlossen wird und die Schiffe in Richtung Laguna San Rafael und Puerto Natales (Torres del Paine) ablegen. Kürzere Touren zur Laguna San Rafael verkehren auch von Puerto Chacabuco aus. Ab Punta Arenas, an der Magellan-Strasse gelegen, gibt es Schiffe Richtung Ushuaia (Argentinien) auf Feuerland und Puerto Williams auf der südlich davon gelegenen Insel Navarino. In Punta Arenas und Ushuaia besteht auch die Möglichkeit, zu einer Tour in die Antarktis zu starten.
Schiffe erfüllen die lebenswichtige Funktion, diese abgelegene Gegend mit dem restlichen Land zu verbinden. Noch immer gibt es keine durchgehenden Strassen, weil tief eingeschnittene Fjorde und riesige Gletscherfelder dies verunmöglichen. Deshalb sind auch die Unterschiede bei den Schiffen, die in dieser Gegend verkehren, gross, die Palette reicht von lokalen Fähren für Fracht und Passagiere bis zu luxuriösen Kreuzfahrtschiffen. Wobei man beim Wort "Kreuzfahrt" nicht erschrecken sollte; es handelt sich dabei nicht um schwimmende Kolosse mit Tausenden von Touristen. Im Gegenteil: die Schiffe in Südchile bieten im Schnitt Platz für 150 Passagiere, und auch das grösste unter ihnen, die Navimag-Fähre "Evangelistas" (früher "Magallanes" gennant), kann maximal 260 Personben befördern.

Nördlich von Puerto Montt gibt es zwei interessante Alternativen, um von Chile nach Argentinien zu reisen: In einer Kombination von Landstrecken im Bus und Schiffsreisen auf tief in den Anden eingeschnittenen Seen werden die Anden überquert. Die bekannteste Route verbindet Puerto Montt/Puerto Varas mit Bariloche in Argentinien, sie wurde früher unter dem Namen "Cruce de Lagos/Sail the Andes" vermarktet und heisst nun Cruce Andino. Seit Dezember 2008 gibt es eine neue Verbindung zwischen Pucón und San Marín de los Andes unter dem Namen "Travesía Navegando Chile Argentina".